العقارات الموقوفة على المدرسة :

انقطعت غلال الوقف التي كانت تأتي للمدرسة من الأوقاف التي رصدها بشير آغا في الشام وتركيا وذلك بعد الإطاحة بالحكم العثماني وتولي الأشراف زمام الأمور بالمدينة المنورة .ثم بعد ذلك فتح الملك عبد العزيز آل سعود يرحمه الله الحجاز حيث أمّن أهل المدينة على أرواحهم وأموالهم فكان جدي الشيخ /موسى كاظم من ضمنهم  فبقي في المدينة المنورة في وظيفته ناظراً لمدرسة بشير آغا بدون أن يدفع له راتب. ولضيق العيش في ذلك الوقت تردد جدي على التكية المصرية يطلب منهم المعونة كما راجع وزارة الأوقاف علها تُؤمِّن له راتبا يصرفه على نفسه وعائلته فلم يوفق إلى تحقيق طلبه. وبتسهيل من الله عز وجل تمكن جدي المذكور من إقناع بعض أهل الخير في المدينة المنورة  بوقف عقاراتهم  على هذه المدرسة  لإحيائها والصرف على مدرسيها وموظفيها وطلبتها، وجميع هذه العقارات شملها مشروع خادم الحرمين الشريفين الملك فهد بن عبد العزيز لتوسعة المسجد النبوي الشريف وهي كالتالي:

1) عقارات مفقودة : ثلاثة دكاكين بالمناخة ؛ودار بحوش التاجوري ؛وأربعة دكاكين بحوش التاجوري ؛ودار بالساحة.

2) عقارات تم الاستعاضة عنها : سبعة دكاكين في سوق السمّانية والطباخة بموجب صك الوقفية المؤرخ في 14/6/1308هـ ؛ودار في سقيفة مقعد بني حسين بموجب صك الوقفية المؤرخ في 14/6/1297هـ وتم شراء عمارة بحي قباء في حارة المغاربة بديلا عنها بموجب الصك الشرعي رقم 8/12 في 7/7/1403هـ.